Theo đó, các cơ sở kinh doanh ôtô, xe hai bánh gắn máy ghi giá bán trên hóa đơn thấp hơn giá giao dịch thông thường trên thị trường sẽ bị ấn định thuế. Đây là điểm mới so với hướng dẫn trước. Với hướng dẫn cũ, các cơ sở kinh doanh xe gắn máy ghi hóa đơn thấp hơn giá tính lệ phí trước bạ đều bị cơ quan thuế ấn định lại giá bán, từ đó truy thu thuế.

Thông tư mới cũng tạo cơ sở pháp lý cho cơ quan thuế xác định giá thị trường: căn cứ trên dữ liệu cơ quan thuế thu thập từ giá bán do cơ sở kinh doanh kê khai với cơ quan thuế, thông tin về giá từ các cơ quan quản lý khác như hải quan, trung tâm thẩm định giá thuộc sở tài chính tỉnh, TP hoặc sở công thương, hiệp hội ôtô...

Việc ban hành thông tư 71 bắt nguồn từ khiếu kiện của các doanh nghiệp kinh doanh ôtô, xe máy vì cho rằng cơ quan thuế, cụ thể là Cục Thuế TP.HCM đã hiểu sai tinh thần quyết định số 41 của Thủ tướng Chính phủ và các văn bản hướng dẫn của Tổng cục Thuế. Điển hình là vụ Công ty Minh Thành kiện Cục Thuế TP.HCM ra tòa và thắng kiện cả hai phiên tòa sơ thẩm và phúc thẩm.

Sự việc bắt nguồn từ tháng 11-2007, Công ty Minh Thành bất ngờ nhận được quyết định truy thu thuế từ tháng 7 đến tháng 12-2006 của Cục Thuế TP.HCM với số tiền hơn 13,7 tỉ đồng, bao gồm hơn 3,6 tỉ đồng thuế GTGT và hơn 10,1 tỉ đồng thuế thu nhập doanh nghiệp. Lý do công ty đã ghi giá bán trên hóa đơn cho người tiêu dùng thấp hơn giá tính lệ phí trước bạ.

Trong thời gian từ tháng 7 đến tháng 12-2006 công ty đã bán 658 xe Honda SG 150i, giá bán dao động từ 71,5-76,46 triệu đồng/xe (chưa gồm thuế giá trị gia tăng) và 286 xe Honda PS 150i với giá bán từ 68,42-71,69 triệu đồng/xe (chưa thuế GTGT). Qua khảo sát, Cục Thuế TP.HCM cho rằng giá bán trên thấp hơn giá tính lệ phí trước bạ, hơn nữa thời điểm này giá bán xe theo Cục Thuế thu thập được là 110 triệu đồng/chiếc, từ đó kết luận Công ty Minh Thành có hành vi gian lận hóa đơn và ra quyết định xử phạt.

Công ty Minh Thành cho rằng quyết định xử phạt của Cục Thuế TP.HCM không có căn cứ. Do tháng 7-2006 Bộ Tài chính giảm giá tối thiểu để tính thuế nhập khẩu xe gắn máy hai bánh từ 100% xuống 90% nên giá bán trên là cạnh tranh và phù hợp với giá thị trường thời điểm đó.

Hơn nữa, Công ty Minh Thành cho rằng Cục Thuế TP.HCM đã vận dụng sai hướng dẫn của Tổng cục Thuế. Theo công văn hướng dẫn của Tổng cục Thuế, giá tính lệ phí trước bạ chỉ dùng làm căn cứ để xử lý truy thu thuế đối với các trường hợp ghi giá bán trên hóa đơn thấp hơn giá thị trường, không phải là giá hướng dẫn buộc các cơ sở kinh doanh phải ghi hóa đơn.

Theo kết luận của phiên tòa phúc thẩm, Cục Thuế TP.HCM đã vận dụng sai tinh thần quyết định của Thủ tướng và các văn bản hướng dẫn của Tổng cục Thuế. Không có quy định nào buộc giá thị trường phải là giá tính lệ phí trước bạ do Nhà nước quy định. Do vậy, Cục Thuế TP.HCM lấy giá tính lệ phí trước bạ áp đặt thành giá bán tối thiểu đối với doanh nghiệp là sai.

Hơn nữa, Cục Thuế không có căn cứ chứng minh công ty bán xe thấp hơn giá thực tế vì chưa có khách hàng nào phản ảnh phải mua xe với giá cao hơn giá ghi trên hóa đơn. Nếu chỉ khảo sát thị trường chung chung mà kết luận công ty trốn thuế là không có căn cứ. Do đó, tòa phúc thẩm đã quyết định giữ nguyên quyết định án sơ thẩm là không chấp nhận kháng cáo của Cục Thuế TP.HCM.